R_ggiraph（複数グラフ連携）_20240925

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(patchwork)
install.packages("ggiraph")
library(ggiraph)

# Load the data
dat <- gapminder::gapminder %>%
  # gapminderとは、国ごとの人口、GDP、寿命などのデータを提供するパッケージ
  # year, continent, country, lifeExp, pop, gdpPercap
  # このデータは、1952年から2007年までの各国の人口、GDP、寿命などを提供している
  janitor::clean_names() %>% 
  # janitor::clean_names() は、データフレームの列名を小文字に変換する
  mutate(
    # ID that is shared for boxplots (this one uses factors, i.e. numbers, as ID instead of continents)
    id = as.numeric(continent),
    # continentを数値に変換してidに代入している
    continent = forcats::fct_reorder(continent, life_exp)
    # forcats::fct_reorder() は、ファクターのレベルを再配置する
    # ここでは、continentをlife_expの値に基づいて再配置している
    # つまり、life_expの値が大きい順にcontinentを並べ替えている
  )

color_palette <- thematic::okabe_ito(5)
# thematic::okabe_ito() は、カラーパレットを返す関数
# ここでは、5色のカラーパレットを取得している
names(color_palette) <- unique(dat$continent)
# names() は、ベクトルの要素に名前を付ける関数
# ここでは、color_paletteにcontinentの名前を付けている

base_size <- 24 # Base font size

mean_life_exps <- dat %>% 
  group_by(continent, year, id) %>% 
  summarise(mean_life_exp = mean(life_exp)) %>% 
  mutate(mean_text = glue::glue('In {year}, the mean life expectancy in\n{continent} was {scales::number(mean_life_exp, accuracy = 0.01)}'))
  # \n は改行を表す
  # {}には、変数を埋め込むことができる
  # scales::number() は、数値を指定した精度でフォーマットする関数
  # accuracy = 0.01 は、小数点以下2桁まで表示することを意味する

line_chart <- mean_life_exps %>% 
  ggplot(aes(x = year, y = mean_life_exp, col = continent, data_id = id)) +
  # data_id は、ggiraphで使用するためのデータID、つまり、ツールチップやクリックイベントを設定するためのID
  # ツールチップやクリックイベントとは、マウスをホバーしたときに表示される情報や、クリックしたときに表示される情報のこと
  geom_line_interactive(linewidth = 2.5) +
  # geom_line_interactive() は、ggiraphで対話的な線グラフを描画する関数
  geom_point_interactive(size = 6, aes(tooltip = mean_text)) +
  # tooltip は、ツールチップに表示する情報を指定する
  theme_minimal(base_size = base_size) +
  # base_size は、フォントサイズを指定する
  labs(
    x = element_blank(), # x軸のラベルを非表示にする
    y = 'Life expectancy (in years)', # y軸のラベルを設定する
    title = 'Life expectancy over time' # グラフのタイトルを設定する
  ) +
  theme(
    text = element_text(
      # テキストの色を設定する
      color = 'grey20'
    ),
    legend.position = 'none', # 凡例を非表示にする
    panel.grid.minor = element_blank(), # グリッド線を非表示にする
    plot.title.position = 'plot' # タイトルを中央に配置する
  ) +
  scale_color_manual(values = color_palette) # カラーパレットを設定する


selected_year <- 2007
box_stats <- dat %>% 
  filter(year == selected_year) %>% 
  group_by(continent) %>% 
  summarise(
    n = n(), # n() は、グループ内の行数を返す関数
    iqr = IQR(life_exp) %>% round(2), 
    # IQR() は、四分位範囲を計算する関数
    # round(2) は、小数点以下2桁まで表示する
    range = paste(range(life_exp) %>% round(2), collapse = ' - '),
    # range() は、最小値と最大値を返す関数
    # paste() は、文字列を連結する関数
    # collapse = ' - ' は、連結するときに区切り文字として' - 'を使用することを意味する
    mean = mean(life_exp) %>% round(2)
  )

box_plot <- dat %>% 
  filter(year == selected_year) %>% 
  full_join(box_stats) %>% 
  # full_join() は、2つのデータフレームを結合する関数
  ggplot(aes(x = life_exp, y = continent, fill = continent, data_id = id)) +
  geom_boxplot_interactive(
    # geom_boxplot_interactive() は、ggiraphで対話的な箱ひげ図を描画する関数
    aes(
      tooltip = glue::glue(
        '
        {levels(dat$continent)[continent]}\n
        {n} Countries\n
        Mean life expectancy: {mean}\n
        Range: {range}\n
        IQR: {iqr}
        '
      ),
      onclick = glue::glue('window.open("http://en.wikipedia.org/wiki/{levels(dat$continent)[continent]}")')
      # onclick は、クリックしたときに実行するJavaScriptコードを指定する
      # ここでは、クリックしたときに、Wikipediaのcontinentのページを開くようにしている
      # levels() は、ファクターのレベルを返す関数、これはcontinentのレベルを取得している
    ),
    position = position_nudge(y = 0.25), # 位置を微調整する
    width = 0.5 # 箱ひげ図の幅を設定する
  ) +
  geom_point_interactive(
    aes(col = continent),
    position = position_nudge(y = -0.2),
    size = 11,
    shape = '|', # ポイントの形を設定する
    alpha = 0.75
  ) +
  scale_fill_manual(values = color_palette) +
  scale_color_manual(values = color_palette) +
  labs(
    x = 'Life expectancy (in years)',
    y = element_blank(),
    title = glue::glue('Distribution of Life Expectancy in {selected_year}')
  ) +
  theme_minimal(base_size = base_size) +
  theme(
    text = element_text(
      color = 'grey20'
    ),
    legend.position = 'none',
    panel.grid.minor = element_blank(),
    plot.title.position = 'plot'
  ) 

ggiraph(
  ggobj = box_plot + plot_spacer() + line_chart + plot_layout(widths = c(0.45, 0.1, 0.45)),
  # ggobj は、ggiraphで対話的なグラフを描画するためのggplotオブジェクト
  # plot_spacer() は、プロットの間にスペースを挿入する関数
  # plot_layout() は、プロットのレイアウトを設定する関数
  options = list(
    # オプションを設定する
    opts_hover_inv(css = "opacity:0.1;"), # ホバー時の透明度を設定する
    opts_tooltip(offx = 0, offy = 0, css = 'font-size: larger;') # ツールチップのオフセットとCSSを設定する
  ),
  hover_css = "", # ホバー時のCSSを設定する
  height_svg = 9, # SVGの高さを設定する
  width_svg = 16 # SVGの幅を設定する
)

# 変数の中身のユニークな値を確認する ----
unique(mpg$drv)

# 出現頻度を確認する
table(mpg$drv)

head(mpg$drv)
summary(mpg$drv)

# 全体確認 ----
skim(dat)

# チラ見 ----
glimpse(dat)

# 現状把握
version()

library(pkgbuild)
has_rtools(debug = TRUE)

sessionInfo()

install.packages("oskeyring") 
library(gitcreds) # gitcredsパッケージを読み込む
gitcreds_list() # 登録されている認証情報を確認

gitcreds_delete(url = "https://github.com")　
# 登録されている認証情報を削除

Sys.unsetenv("GITHUB_PAT")　# GITHUB_PATを削除。空で帰る場合には問題解決。

# 公開リポジトリのインストールには認証は不要：
# corrmorantは公開リポジトリなので、認証なしでインストールできます。
# そのため、環境変数GITHUB_PATやシステムの資格情報ストアに認証情報が設定されていない状態が望ましいです。

# remotes::install_github("r-link/corrmorant", auth_token = NULL, force = TRUE)

# 特定のバージョンのggplot2をインストール
renv::install("ggplot2@3.3.6")